中國科學院地質與地球物理研究所1999年6月由原中國科學院地質研究所和中國科學院地球物理研究所兩所整合而成。整合前的兩個研究所都有長達50余年的歷史和豐厚的科研成果，在國內外學術界具有很高的地位。2004年將中國科學院武漢數學物理研究所的電離層研究室整體調整到所。整合原中國科學院蘭州地質所，建立了中國科學院地質與地球物理研究所蘭州油氣資源研究中心。
研究所現有在職人員480人，其中科技人員298人，具有高級職稱的專業(yè)科研人員215人。有中國科學院院士11人、中國工程院院士1人，國家自然科學杰出青年基金獲得者28人，中科院“百人計劃”入選者17人，國家“千人計劃”3人。研究所是國家最早確定的碩士、博士研究生培養(yǎng)基地和博士后流動站單位，是中國科學院博士生重點培養(yǎng)基地，有地質學、地球物理學、地質工程二級學科的博士、碩士培養(yǎng)點，地質學、地球物理學、地質資源和地質工程三個博士后流動站。目前在讀博士生、碩士生近550多人，在站博士后約100人。
電磁法儀器組是2010年新成立的一個硬件研發(fā)部門，是專門為方法理論驗證提供實驗儀器支持的科研支撐系統，主要從事地質學，地球物理學相關的大小儀器開發(fā)、研究、制造，目前技術水平屬于國際一流水平。